たまに吉里吉里本体では再生できるのにループチューナでは開けないwavファイルがあります。

どうやらループチューナでは最初のチャンクがfmtチャンクでないと読み込めないようです。
普通はそうなっているので問題ないのですが、Cubaseで書き出したwavファイルがjunkチャンクから始まるため読み込めません。
このようなファイルはAudacityなど他のソフトで開いて保存しなおせば読み込めるようになります。

たくさんある場合はSoXでコマンドラインで処理するのが楽だと思います。