KAGではカスタマイズ用にOverride.tjsとAfterinit.tjsが用意されています。

KAGEXではこれに加えてStorages.tjsがあります。これは独自の検索パスを追加するためのスクリプトです。初期状態では存在しないので作成してください。

以下の例ではseフォルダとscenario/openingフォルダを検索パスに追加しています。
[tjs]
// Storages.tjs
Storages.addAutoPath("se/"); // seフォルダを追加
Storages.addAutoPath("scenario/opening/"); // scenario/openingフォルダを追加
[/tjs]

KAGEXの初期状態で使えるフォルダ名はbgimage, bgm, evimage, face, fgimage, image, init, main, others, rule, scenario, sound, sysscn, system, thum, uipsd, video, voiceになります。それ以外のフォルダを使ったり、フォルダの中にフォルダを作りたいときはStorages.tjsで追加します。